เรื่องราวเกิดขึ้นจากผลกระทบของสงครามระหว่างกองทัพโลกและกองทัพซาฟต์ในสงครามครั้งก่อน เมื่อ ออร์บ ประเทศเป็นกลางโดนกองทัพโลกบุกโจมตีเพื่อยึดโรงงานโมบิลสูทมาเป็นของตัวเอง เพื่อใช้ในการผลิตโมบิลสูทต่อสู้กับกองทัพซาฟต์และนำเทคโนโลยีของออร์บมาใช้

ในขณะนั้นเองตัวเอกของเรื่อง ชิน อาสึกะ นั้นก็ได้รับผลกระทบจากสงครามที่เกิดขึ้นจนทำให้เสียครอบครัวอันเป็นที่รักไป ต่อมาในภายหลังก็ได้อพยพย้ายไปอยู่ที่ แพลนท์ และได้รับการคัดเลือกให้เป็นนักบิน Mobile Suit Gundam Seed Destiny ของซาฟต์ในการขับหุ่นกันดั้มรุ่นใหม่ของซาฟต์ อิมพัลส์กันดั้ม และด้วยเหตุอันสุดวิสัยจึงต้องเข้ามาเกี่ยวกับสงครามครั้งใหม่ที่เกิดจากการจู่โจมของหน่วยลับบลูคอสมอส

นำโดยพันเอกนีโอ ลอร์นอร์ค ได้ขโมยกันดั้มรุ่นใหม่ของทางซาฟต์ไปถึง 3 เครื่อง เคออสกันดั้ม ไกอากันดั้ม อบีสกันดั้ม ซึ่งในขณะนั้น อัสรัน ซาล่า และ คางาริ ได้อยู่ที่แพลนท์ด้วย ทำให้ทั้งสองต้องเข้ามาเกี่ยวข้องกับสงครามที่จะประทุขึ้นมาครั้งใหม่

ทั้งการก่อการณ์ร้ายของเหล่าโคออดิเนเตอร์ที่แพ้สงครามครั้งก่อน และยังยึดมั่นในอุดมคติของ แพททริก ซาร่า ทำให้พวกเขาส่ง ยูนิอุส เซเวน (JUNIUS SEVEN) ตกลงสู่โลก ทั้งการที่หน่วยลับของโคออดิเนเตอร์พยายามสังหาร ลักส์ ไคลน์ การตัดสินใจของคิระและอัสรันในสงครามที่สวนทางกัน ทั้ง ๆ ที่ความตั้งใจของเขาทั้งสองเป็นไปในทิศทางเดียวกัน เหตุการณ์จึงยิ่งเลวร้ายยิ่งขึ้น เมื่อบลูคอสมอสยื่นมือเข้ามาในสงครามนี้ และ ออร์บ ที่เข้าไปเป็นพันธมิตรกับ สหพันธ์แอตแลนติก